ЗА ИСКЛЮЧЕНИЕМ ТОГО, ЧТО, союз
Придаточные предложения, присоединяемые союзом 'за исключением того, что', выделяются (или отделяются) запятыми. При этом запятая обычно ставится и перед союзом (перед словом 'за'), и между его частями (перед словом 'что').
Почему не смеются и не вышучивают самого маленького заводского служителя, который решительно ни в чём не лучше дьячка, за исключением того, что не носит смешных косиц и подрясника? Д. Мамин-Сибиряк, Зеленые горы. Как и в прежних пачках, в этих тоже было по сто десятидолларовых бумажек, ничем не отличавшихся от настоящих, за исключением того, что на всех них значился один и тот же номер. Л. Лагин, Старик Хоттабыч. Открыв глаза, он убедился в том, что на холме всё без изменений, за исключением того, что пылавшие на груди кентуриона пятна потухли. М. Булгаков, Мастер и Маргарита.