НЕПОНЯТНО(,) ГДЕ / КОГДА / КТО... цельное по смыслу выражение; предикатив + союз
1. Цельное по смыслу выражение. Между частями выражения (после слова 'непонятно') знак препинания не ставится.
За обедом учительша между прочими разговорами объявила мужу, что черная курица непонятно куда спряталась. А. Погорельский, Черная курица, или Подземные жители. Звук достиг наибольшей силы, так же резко пошел на убыль и стих совсем, но ему на смену пришел грохот танковых моторов, так же непонятно где возникший и непонятно куда ушедший через несколько секунд. В. Пелевин, Принц Госплана. В общем, стал я непонятно кем: не педагог, не сиделка, а шут знает кто. Д. Рубина, Монологи. Тунгуска вынула изо рта трубку, облизнулась, подняла на голос непонятно где плутавшие глаза и кивнула. В. Распутин, Прощание с Матёрой.
2. Предикатив + союз. Между предикативом 'непонятно' в главной части сложноподчиненного предложения и союзом, присоединяющим придаточную часть, ставится запятая.
Было непонятно, где он все это раздобыл, – должно быть, возил с собой в чемодане. А. Толстой, Хождение по мукам. Кроме того, ночь была действительно темна, и красные и желтые точки на горизонте как бы обозначали габариты окружающего мира – если бы не они, было бы непонятно, где происходит жизнь и происходит ли она вообще. В. Пелевин, Тарзанка. Сейчас мне непонятно, как не умер я в тот момент от стыда. Ю. Нагибин, Война с черного хода.
@ К цельному по смыслу выражению 'непонятно где / когда / кто…', в отличие от омонимичного сочетания предикатива и союза, нельзя добавить слова 'мне, тебе, ему' и т. д. Ср.: живет непонятно где (нельзя сказать 'живет мне непонятно где', запятая не ставится), но: непонятно, где он живет (можно сказать 'мне непонятно, где он живет', запятая ставится).